Denis Desoubzdanne

Logo de Servier Consultant en données scientifiques & graphes de connaissances Servier · Freelance mai 2024 - aujourd’hui · 2 ans 5 mois Gif-sur-Yvette, Île-de-France, France · Hybride J’accompagne les équipes de recherche dans l’intégration, la structuration et l’exploitation de données de chimie, biologie et pharmacologie pour la découverte de médicaments. • Conception et déploiement d’un graphe de connaissances Neo4j à grande échelle, intégrant plus de 20 sources de données scientifiques • Développement de 20+ chaînes de traitement Python/Kedro sur GCP pour ingérer, standardiser, harmoniser et enrichir des données hétérogènes • Analyse de données moléculaires par regroupement et réduction de dimension (UMAP, t-SNE) à partir d’empreintes moléculaires • Traduction des besoins scientifiques en solutions de données prêtes pour la production, en lien avec chimistes, biologistes, responsables de projets et équipes data • Contribution à 5 projets thérapeutiques, notamment à l’identification d’un composé outil dans le cadre d’un programme de criblage phénotypique

Consultant indépendant en données scientifiques, spécialisé en intégration de données et graphes de connaissances pour la découverte de médicaments.

Au sein de Danone Research & Innovation, j’ai contribué à des projets de recherche translationnelle combinant données métabolomiques et génomiques. • Analyse multi-omique de 450 échantillons métabolomiques et 2 000 génomes microbiens annotés • Développement d’un modèle de classification Random Forest pour la prédiction de phénotypes microbiens • Développement de 5 chaînes d’analyse automatisées sous Azure et Databricks afin d’améliorer la reproductibilité et le passage à l’échelle des analyses • Collaboration avec des microbiologistes, bioinformaticiens et équipes de recherche sur 2 projets translationnels

Consultant indépendant en chimie analytique & métabolomique J’accompagnais des équipes de recherche sur leurs problématiques en LC-HRMS et métabolomique : • Formation aux logiciels et aux workflows d’analyse métabolomique • Conseil en stratégie analytique et conception expérimentale • Appui au développement et à l’optimisation de méthodes LC-HRMS

Accompagnement technique des clients avant et après-vente sur des applications LC-HRMS et LC-MS/MS. • Réalisation et restitution de 6 essais applicatifs dans le cadre d’appels d’offres en métabolomique et lipidomique • Développement d’applications sur QTOF 9030 (DDA, DIA) et LC-MS/MS 8060(NX) • Installation et transfert de méthodes métabolomiques dans les laboratoires clients • Formation des utilisateurs aux méthodes analytiques et aux logiciels associés • Support technique et résolution de problèmes en chromatographie liquide, MS/MS et HRMS • Utilisation de MS-DIAL, W4M et LabSolutions Insight

Développement et pilotage d’une activité de métabolomique appliquée à la recherche biomédicale, notamment autour des biomarqueurs, du système nerveux central et de la neurotoxicité. • Mise en place d’une plateforme d’analyse métabolomique par UHPLC-HRMS • Conception et conduite de 10+ programmes de recherche, de la stratégie expérimentale à l’interprétation des résultats • Analyses métabolomiques et lipidomiques sur plateforme QTOF 6550 (Agilent) • Analyse statistique et chemo-informatique des données avec R et W4M • Identification et interprétation de signatures moléculaires et de biomarqueurs • Encadrement d’1 technicien, 5 étudiants de Master et 1 doctorante

Pilotage de projets visant à caractériser le métabolisme et les flux métaboliques de bactéries, notamment E. coli. • Conception et réalisation d’études métabolomiques et fluxomiques • Analyse et interprétation des données expérimentales • Présentation des résultats aux équipes scientifiques • Rédaction de rapports et synthèses de projets

Pilotage de plus de 15 études contractuelles pour des clients industriels et académiques. • Planification, conception et réalisation d’études métabolomiques et lipidomiques par (U)HPLC-ESI-HRMS/MS • Utilisation de plateformes Orbitrap et Q Exactive (Thermo Scientific) • Identification et caractérisation structurale de métabolites et lipides • Analyse et interprétation des résultats scientifiques • Rédaction de rapports en anglais et présentation des résultats aux clients

Projet de recherche consacré à l’identification de biomarqueurs associés à la radiorésistance dans des modèles cellulaires humains de glioblastome. • Conception et conduite d’une approche multi-omique combinant métabolomique, lipidomique et transcriptomique • Analyses métabolomiques par RMN ¹H et lipidomiques par LC-ESI-MS/MS • Analyses transcriptomiques par biopuces et qRT-PCR • Intégration et interprétation des données afin d’identifier des signatures moléculaires associées à la radiorésistance

Projet de recherche consacré à la synthèse et à l’évaluation biologique de streptocyanines présentant une activité antipaludique. • Synthèse de dérivés de streptocyanines • Participation aux essais in vitro sur Plasmodium falciparum • Étude du profil d’activité des composés au cours du cycle de développement parasitaire • Contribution à l’évaluation du potentiel antipaludique des molécules synthétisées

Travail de recherche consacré à l’isolement et à la caractérisation de dérivés terpéniques issus d’éponges marines. • Extraction et fractionnement d’extraits naturels • Isolement et purification de composés bioactifs • Détermination structurale de dérivés terpéniques • Contribution à l’étude de composés présentant une activité antipaludique in vitro