Julie Ripoll

Besoin d'un data scientist avec des compétences de data engineer pour améliorer ou développer vos projets ML/IA/Bioinfo, je peux vous aider ! Prestations proposées: – Développement de pipelines d'analyse on-prem ou sur cloud – Optimisation de code pour scalabilité – Analyses de données ML/IA/Bioinfo – Consulting scientifique et technique à la demande – Formations internes à la demande (clean code, pipeline, stats)

Jury de projet MSPR pour les parcours: • CDPIA : Chef.fe de projet expert en intelligence artificielle • EID : Expert en ingénierie des données • EISI IA : Expert en informatique et système d’information

Contexte: Aide aux étudiants et professionnels pour le développement de compétences en informatique. Missions: • Informatique NSI • Programmation en Python • Outils de bureautique (Pack Office) Réalisations: • Enseignements de niveau terminale à prépa Polytech / TSI et Licence 3 Informatique • Orientés 'cas pratique' avec exemples concrets et visuels. Possibilité d'enseignements en anglais ou en français.

Contexte: Prédiction de rendement pour une coopérative agricole américaine Missions: • Optimisation et maintenance de code pour une évolutivité durable • Analyses de données climatiques, pédologiques et agricoles • Machine Learning (RF, SVM), Clustering, Data mining, Analyses statistiques • Technologies: Python, Conda, Docker, Gitlab, CI/CD Réalisations: • +30% de données et +5% de performance • identification de points critiques

Contexte: Gestion des projets et développement de méthodes d'analyses de données NGS pour répondre à des questions biologiques en cancérologie. Missions: • Conception et développement de pipelines informatiques automatisés et de nouvelles méthodes d'analyses. • Analyse de données issues de séquençage : RNA-seq, scRNA-seq, merip-seq, m6A-seq, RIBO-seq et de polysome profiling. • Travail en environnement HPC on-premise (slurm, qsub, S3) • Gestion de bases de données • Environnement sous contraintes de rapidité et pression (recherche clinique) • Développement de pipelines d'analyses comprenant la partie statistique et de nouvelles formes de visualisations adaptées aux données Réalisations: • Gestion de 8 projets R&D • Encadrement de stagiaires et ingénieur • Animation de formations pour professionnels via CNRS Formations • 6 publications scientifiques dont 2 Nature Communications • Principaux outils développés : TRAIN, ALTSPLICE, RIBOSMK, dipwmsearch

Contexte : Gestion de données et analyses métagénomiques pour le projet BioIndic avec rédaction d'articles Missions : • Aide au développement du pipeline d'analyse Snakemake -Conda de métabarcoding (BIOINDIC v1) • Adaptation de la partie statistiques (random forest, clustering, GLMM) pour un autre projet - analyse multi-run (time-series) • Documentation et clean code Réalisations: • 2 publications scientifiques dont 1 Scientific Reports • 1 pipeline boinformatique : BIOINDIC v2

Contexte : Étude de l'adaptation à l'acidification des océans de coraux en Papouasie-Nouvelle Guinée. Missions: • Gestion de données NGS • Analyses Transcriptomiques De Novo • Analyse Metabarcoding des organismes microbiotiques associés aux coraux • Analyses phylogénétiques Réalisations : • Développement d'un pipeline d'analyses multi-omiques: CORALS (non public) • Identification des espèces récoltées • Analyses via une approche non paramétrique basée sur un modèle de régression binomiale négative et développement de nouvelles formes de visualisation

Contexte : « Laitue+ / Lactuca genome comparison in different postharvest conditions » Missions : • Répétition expérimentale du projet (travail en chambre climatique) • Mise au point de scripts sous R pour le traitement statistique des données issues de l'analyse RNA-seq • Traitement des données, visualisations (IGV), Enrichissement des données (KEGG/GO) et synthèse des informations Réalisations: • 2 articles scientifiques • formation de deux stagiaires et d'une thèse pour la suite du projet

Contexte: Participation à deux projets confidentiels, CASDAR INNORAISIN et UV boosting plant defenses. Missions : • INNORAISIN: analyse statistique des résultats, synthèse et diffusion, réalisation de dosages d'acide abscissique. • UV boosting: mise en place d'essais phytopathologiques, application de traitements lumineux, suivi de la fluorescence de la chlorophylle a, suivi des infections, mise au point de script sur FIJI et analyse statistique des données. Réalisations: • Confidentiel (brevets)

Contexte : étude des changements climatiques sur le rendement, la qualité des fruits et les défenses des plantes. Mission : - DOE, Expérimentations, Analyses de Laboratoire (+1500 échantillons) - Management d'équipes, Encadrement stagiaires (BTS à M2) - Gestion de données, MVDA, Data mining - Modélisation, programmation R, Analyse d'images FIJI (Java) - Vulgarisation et valorisation scientifique, Documentation technique Réalisations: - 30k€ de financements obtenus pour des expérimentations - 7 publications scientifiques - 2 prix meilleurs posters - 196h d'enseignements à l'Université (TD et TP)

Contexte : Évaluation de la diversité génétique d'une Solanacée invasive en Europe avec différents marqueurs (chloroplastiques et nucléaires) et les différences de traits d'histoire de vie. Missions : • Extractions d'ADN, PCR multiplex • Analyse de données de séquençage et génotypage • Analyses cytogénétiques (comptage chromosomique) • Travail en quarantaine P2/P3 après formation et obtention de l'habilitation • Analyses statistiques et phylogénétiques avec R Réalisations : • 1 article scientifique méthodologique

Contexte : étude des pollinisateurs (du genre Coleoptera : Curculionidae) du palmier à huile et leurs interactions avec les inflorescences. Missions : • Analyses comportementales (choix / non-choix) • Capture de COV par fibres SPME et Headspace • Relevé de données climatiques • Travail sur le terrain en Afrique Centrale • Analyse de COV par GC-MS à l'INRA de Versailles • Dissection de genitalia • Analyses statistiques avec R et XLstat Réalisations : • Clé d'identification des différentes espèces de pollinisateurs • 1 Poster