Maxime Gueudré

Les études transcriptomiques sont aujourd’hui principalement menées grâce à des données issues du RNA-seq. Le séquençage de l’ARN d’un mélange de cellules appelé bulk RNA-seq et le séquençage de l’ARN en cellule unique appelé single-cell RNA-seq sont deux techniques complémentaires pour ces études. En effet, la déconvolution permet d’utiliser des données issues de ces deux méthodes afin d’estimer les proportions et les profils d’expression génétique de chaque type cellulaire présent dans un échantillon. Toutefois, l’étude des variants d’épissage, variants génétiques ou encore des transcrits de fusion nécessite des données bulk RNA-seq. L’outil que nous avons développé a pour but d’identifier le type cellulaire associé à chaque read afin d’utiliser ces données bulk RNA-seq avec l’information sur l’identité cellulaire des séquences transcrites. Ainsi nous avons pu réaliser trois niveaux de déconvolution : le premier niveau permet d’obtenir de façon robuste les proportions des types cellulaires présents dans un mélange de cellule grâce à une référence single-cell à l’instar de nombreux outils existants. Le deuxième niveau nous permet par la suite d’estimer les profils d’expression spécifiques de chaque type cellulaire présents dans un mélange de cellule. Le troisième niveau de déconvolution nous permet donc de distribuer les différents reads selon le type cellulaire identifié grâce aux caractéristiques biologiques de l’ARN considérées comme spécifiques. Nous avons pu évaluer les performances de cet outil en comparant les populations connues des échantillons et les proportions estimées.

Étude bibliographique et rédaction d'une revue sur l’importance des mécanismes de compensation cellulaire et neuronale dans les maladies dégénératives Projet exprérimental sur la mise au point d’une stratégie de clustering basée sur des k-means itératifs à partir de données ALS (Maniatis et al. 2019)

Archivage, classement de dossiers juridiques ou informatiques Global Banking & Markets

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Renfort d’été en banque : traitement de diverses tâches usuelles en agence (service client, gestion des moyens et plafonds de paiement, virements...)

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